Vermutung:
Primary Master = C:
Secondary Master = D:

Wenn du nun auf D: windows installierst (solange er C: noch als "Da" erkennt und nicht vollkommen ignoriert, so dass Sec. Master als C: gelabelt wird) und dann D an Primary Master hängst (so dass es nun C: ist), lädt der Bootsektor korrekt von der Platte (bin gar nicht mal sicher, ob Windows das macht) und sobald da was von Windows steht will er die Daten von "D:Windowsirgendwas..." laden. Da deine Platte nun C: ist, findet der logischerweise nichts und sagt dir, dass du gefälligst von dem Device mit den Daten booten sollst (das Laufwerksprinzip aus DOS-Tagen komplett unverändert beizubehalten, ist übrigens eine typische Idee der programmierenden, von der Unübersichtlichkeit des über Jahre zusammengestückelten Systems überforderten Witzbolde bei MS).

Vielleicht könntest du das reparieren, indem du eine Windows-Reparatur laufen lässt, aber ob das klappt (und wie das mit deinen Daten umgeht), weiß ich nicht. Vermutlich wirst du nochmal backupen müssen.
Entweder auf DVD brennen, indem du die alte wieder als Pri-Master reinpackst, die neue wieder sec-master, dann von D: bootest und brennst (du könntest auch eine Linux-Live CD nutzen und dann von da brennen) oder indem du eine neue Platte kaufst, die als C: reinhängst, ein Windows aufspielst und die Daten von deiner bisherigen Platte (also, die alte Backupplatte, die nun als C: nicht funktioniert (die mit dem neuen Windows,). Hinterher Daten zurückkopieren (von DVD oder der Backupplatte).

Hmm... das Problem sollte klar sein, ich hoffe ich habe mich bei den Lösungen nicht mit dem Klammern verklammert.

format c:, installiere ein Linux. Ubuntu soll einsteigerfreundlich sein.

Spaß beiseite... ich denke nicht, dass es eine Reparaturfunktion gibt, die ein Windows von D: auf C: umschreibt. Aber es könnte klappen, wenn du das Win in C: stecken hast (du weißt schon, das welches du auf D: installiert hattest und sich nun weigert, zu funktionieren), dann von der CD eine Reparatur laufen lässt... könnte sogar klappen.
Sonst würde ich Windows einfach nochmal installieren, wenn C: auch wirklich C: ist (wie gesagt, du solltest ein Backup deiner Daten haben, vermutlich geht da nichts schief, aber man kann bei solchen Eingriffen nie wissen - das Risiko ist klein, aber der Schaden meist doch nervig bis erheblich), das ist eigentlich die sauberste Lösung - besonders wenn du die Platte vorher formatierst (quickformat tut es auch, falls es da eine Wahl gibt).

Vermutlich.
Meine Antwort wäre eher "ja" als "nein", aber auch so würde ich es nicht riskieren.

Was man sonst machen könnte, wäre einen Bootloader zu nehmen (lilo oder so, wird für gewöhnlich genutzt, um Linux oder mehrere OS zu laden). Da kann man nämlich die phyiskalischen Adressen der Geräte ummappen, Windows lässt sich hier recht einfach belügen (habe ich gemacht, da mein Laufwerk mit dem Windows eigentlich nicht pri-master ist, Windows seine rudimentärem Ladefunktionen aber unbedingt (und nur) auf C: liegen haben will. So wird nun meine Platte (die Adresse), die an Pri-master hängt kurzerhand mit der "getauscht", die mein Windows trägt, so dass Windows glaubt, pri-master zu haben und nennnt das Ding dann C.

Wenn du dir sowieso eine neue Backupplatte zulegen willst, folgt hier wohl die einfachste Lösung:
Kauf dir am besten deine neue Backupplatte, pack die als C rein, installier Windows drauf, pack deine jetzige Platte als D (also "neue" Backupplatte) rein und sei glücklich.

Sonst musst du mal gucken, wie du deine Daten sicherst, bevor Windows da was killt, mein Ansatz wäre echt mit einem Live-Linux (www.knoppix.de; die Frage ist nun, wer brennt dir das CD-image auf einen Rohling, um davon zu booten?) das Zeug auf DVD-Rohlinge zu brennen.
Vermutlich kommst du hier am besten weg, wenn du wieder die Schrotte (klappte ja, oder?) als C nimmst, die neue als D, von da brennst, dann umsteckst, Windows neu machst oder die Reparaturdinge (nun mit gesicherten Daten) durchprobierst... und dir für ähnlichen Schnickschnack in der Zukunft die Live-CD erstellst, sobald alles wieder läuft.

Die Technik ist schon ganz in Ordnung, dumm nur, dass der Weltmarktfüherer von Desktop-Betriebssystemen technisch noch immer - was Konzeption und grundlegendes Design (nein, ich meine nicht, in welcher Farbe der Desktop dargestellt ist) angeht - auf dem Stand von vor 15 Jahren ist.